Profesor Millaku, studimet e rregullta i përfundoi në Fakultetetin e FSHMN-së në Universitetin e Prishtinës, Departamenti i Biologjisë. Studimet posdiplomike i përfundoi në Universitetin e Zagrebit, ndërsa ato të doktoratës i përfundoi në Universitetin e Prishtinës, Departamenti i Biologjisë.

Prof. Asoc. Dr. Fadil Millaku ka një karrierë të gjatë në Institucionet e Arsimit të Lartë në Kosovë, që nga viti 1984. Gjatë periudhës mbi 30 vjeçare në Universitetitn e Prishtinës, Z. Millaku ka të publikuara mbi 46 publikime shkencore në revistat e ndryshme kombëtare dhe ndërkombëtare. Ai gjithashtu është i dëshmuar në punën menaxheriale, duke qenë Shef i Departamentit të Biliologjisë në Universitetin e Prishtinës, Anëtarë i Këshillit Drejtues në Universitetin „Haxhi Zeka“ në Pejë, Prorektor për Buxhet, Financa dhe Infrastrukturë në Universitetin „Haxhi Zeka“ në Pejë, dhe në kohën e fundit ishte ushtrues detyre i Rektorit të Universitetit „Haxhi Zeka“ në Pejë.